故事的开头如同《迷失》一样，始于一架即将出事的飞机。在迫降之后飞机上所有人都死于一种神秘的病毒，FBI以及各方调查组介入调查。但这只是故事的开始，接下来FBI的女特工奥利弗-邓哈姆（Olivia Dunham）和高智商天才彼得-毕舍普（Peter Bishop）将携手面对一系列匪夷所思的可怕现象。为了阻止危机的进一步扩展，他们将寻求彼得早已疏远的父亲的帮助。而他的父亲沃特-毕舍普博士（Dr。 Walter Bishop）则一直被精神病院所收留。出院之后，三个人组成的调查小组开始对各种离奇事件进行研究。